自身免疫性疾病的发病机制尚未完全明了；据估计，全球大约有5~8%的人口受到自身免疫性疾病的威胁。器官特异性自身免疫病包括慢性淋巴细胞性甲状腺炎、甲状腺功能亢进、肺出血肾炎综合征、胰岛素依赖型糖尿病、原发性胆汁性肝硬化、恶性贫血伴慢性萎缩性胃炎、溃疡性结肠炎、急性特发性多神经炎、重症肌无力、多发性脑脊髓硬化症等。系统性自身免疫病包括系统性红斑狼疮、类风湿关节炎、系统性血管炎、天疱疮、皮肌炎、混合性结缔组织病、自身免疫性溶血性贫血等。

间充质干细胞具有非特异性免疫调节能力，通过分泌的可溶性细胞因子发挥作用，通过信号传导形成综合网络调控，免疫微环境也可以加强间充质干细胞的免疫调节功能。间充质干细胞的免疫调控作用和参与或促进各种损伤修复是其用于治疗自身免疫病的理论基础。

自身免疫性疾病表现出组织或器官损伤，一些强力免疫抑制药的应用对许多自身免疫性疾病的治疗起了重要作用，但目前还没有一种可以同时调节免疫功能和促进免疫损伤修复的理想药物和治疗措施。间充质干细胞的免疫调节作用的发现和应用为自身免疫性疾病的治疗开辟了新的思路。单独给系统性红斑狼疮患者输注间充质干细胞可以明显缓解临床症状和改善受累器官的功能。由于间充质干细胞本身的免疫原性较低，临床治疗中不需要进行HLA配型，非HLA相合的间充质干细胞已经在临床上应用于移植物抗宿主病的治疗，并已取得良好的效果。另有研究表明，异体骨髓间充质干细胞治疗效果优于自体骨髓间充质干细胞。

国际上已经有部分国家批准了骨髓间充质干细胞用于治疗部分自身免疫病，例如美国、加拿大、日本均批准了骨髓干细胞治疗移植物抗宿主病，美国和欧盟批准间充质干细胞治疗克罗恩病。另外有多项临床试验正在开展，有望给自身免疫病患者带来康复的希望。